El Secretario General es la más alta autoridad de la Presidencia del Consejo de Ministros, después del Presidente del Consejo Ministros y depende jerárquicamente de él. El Secretario General tiene rango de Viceministro de Estado.

Son funciones del Secretario General de la Presidencia del Consejo de Ministros:

11.1 Dirigir las actividades  de la Secretaria General de la Presidencia del Consejo de Ministros;

11.2 Coordinar y supervisar las labores de los órganos de la Presidencia del Consejo de Ministros dependientes de él; coordinar la ejecución de las políticas sectoriales y actividades de los órganos de la PCM y de los organismos y comisiones adscritas a ella, así como de aquellos órganos u organismos cuya coordinación y/o supervisión le sea expresamente asignada;

11.3 Informar al Presidente del Consejo de Ministros sobre el cumplimiento de las políticas de competencia de la Presidencia del Consejo de Ministros;

11.4 Ejercer en cumplimiento de sus funciones, la representación de la Presidencia del Consejo de Ministros, pudiendo celebrar con las instituciones públicas o privadas, nacionales o extranjeras, los contratos y/o convenios necesarios para tal fin;

11.5 Presidir la Comisión de Coordinación Viceministerial y asistir a las sesiones de la Comisión Interministerial de Asuntos Económicos y Financieros (CIAEF) y de la Comisión Interministerial de Asuntos Sociales - CIAS;

11.6 Someter a consideración del Presidente del Consejo de Ministros los planes, programas y proyectos que requieran su aprobación;

11.7 Expedir Resoluciones y Directivas sobre asuntos de su competencia;

11.8 Supervisar las actividades de los representantes de la Presidencia del Consejo de Ministros designados por la Alta Dirección en las diversas comisiones, dentro de su competencia;

11.9 Resolver, en última instancia administrativa, los recursos administrativos  interpuestos ante órganos dependientes de la Secretaría;

11.10 Organizar y controlar el proceso de programación, formulación, aprobación, ejecución y evaluación del presupuesto de la Presidencia del Consejo de Ministros;

11.11 Conducir el proceso de formulación, seguimiento y evaluación del Plan Estratégico Sectorial Multianual - PESEM, del Sector y orientar la formulación de los Planes  Estratégicos Institucionales de las Entidades adscritas a la Presidencia del Consejo de Ministros;

11.12 Conducir el proceso de formulación y evaluación del Plan Operativo Institucional y el Plan Estratégico Institucional;

11.13 Coordinar y supervisar el sistema de racionalización de la Entidad coadyuvando a lograr los objetivos Institucionales;

11.14 Supervisar que los Proyectos de Inversión Pública se enmarquen en los Lineamientos de Política, en el Programa Multianual de Inversión Pública, en el Plan Estratégico Sectorial de carácter multianual y en los Planes de Desarrollo Regional; y,

11.15 Otras funciones que le encomiende el Presidente del Consejo de Ministros